Причиной смерти горностаев в естественных условиях часто становится скрябингилез – паразитическое заболевание, возбудители которого (нематоды) поражают мягкие ткани мозга и кости черепа. Известны случаи заболевания горностаев бешенством плотоядных. В районах распространения чумы могут стать переносчиками этого заболевания.